Maddenin oluşumunda yapıtaşı atom olmakla beraber, ikinci düzlemde, atomlar arasındaki kimyasal bağı ifade eden Molekül bulunur. Madde, atomlardan meydana gelen moleküllerin çeşitli biçimlerde bir araya gelmesiyle oluşmuştur.
Molekül oluşumunda en temel gerçek, atomların son yörüngelerindeki elektron sayılarını en yükseğe çıkartma çabalarıdır. Atomlar, bu amaçla diğer atomlarla üç çeşit bağ kurarlar: İyonik Bağ, Kovalent Bağ ve Metalik Bağ. Bu bağlar, iki veya daha çok atomun elektronlarını birbirlerine alıp vermeleri veya ortaklaşa kullanımlarıyla kurulur.
Böylece kuarkların enerjisiyle üst yörüngeye sıçrayan elektronlar, en yüksek yörüngede en fazla elektron bulundurmak amacıyla, diğer atomların elektronlarıyla ortaklık kurar. Atomlar arasındaki bu ortaklık, maddeye doğru ikinci düzlem olan molekülü oluşturur.
Görebildiğim kadarıyla, elektronların güneş ışınlarının enerjisiyle en üst yörüngede en fazla olabilme durumları geçicidir. Sadece bu yolla düzgün bir akış şeklinde molekül oluşması mümkün değildir. Çünkü güneşin olmadığı koşullarda molekül nasıl oluşacak? Böylece maddenin kimyasal düzlemde oluşumunda da kuarkların enerji alışverişine geliyoruz.